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षटखण्डागम और द्वादशांग जिनवाणी में मुख्य अंतर व्यापकता (Scope), रचनाकाल और स्वरूप का है। जैन दर्शन में इन दोनों का बहुत ही पूज्य और महत्वपूर्ण स्थान है।
संक्षेप में समझें तो द्वादशांग संपूर्ण मूल ज्ञान का सागर है, और षटखण्डागम उसी सागर से निकला हुआ पहला प्रामाणिक ग्रंथ रूपी घट (घड़ा) है।
दोनों के बीच के मुख्य अंतर को हम कुछ बिंदुओं के माध्यम से आसानी से समझ सकते हैं:
1. परिभाषा और स्वरूप

• द्वादशांग जिनवाणी: भगवान महावीर (या तीर्थंकर देव) की दिव्यध्वनि से जो ज्ञान प्रकट हुआ, उसे उनके प्रमुख शिष्य (गणधर देव) ने 12 अंगों (भागों) में गूंथा। इसे ही 'द्वादशांग' (12 अंग) कहा जाता है। यह जैन धर्म का मूल, संपूर्ण और अखंड श्रुतज्ञान है।
  
• षटखण्डागम: समय के साथ जब द्वादशांग का ज्ञान लुप्त होने लगा, तो आचार्य धरसेन की प्रेरणा से आचार्य पुष्पदंत और आचार्य भूतबलि ने उस अथाह ज्ञान सागर (विशेषकर 12वें अंग 'दृष्टिवाद' के अग्रायणीय पूर्व) में से कुछ मुख्य अंशों को चुनकर लिपिबद्ध (लिखा) किया। चूंकि यह ग्रंथ छह खंडों (भागों) में विभाजित है, इसलिए इसे 'षटखण्डागम' कहते हैं।
  

2. रचना और काल (Origin & Timeline)

• द्वादशांग: यह अनादि-निधन माना जाता है, जो हर तीर्थंकर के काल में गणधरों द्वारा व्यवस्थित किया जाता है। भगवान महावीर के मोक्ष जाने के बाद भी यह ज्ञान मौखिक परंपरा (याद रखकर) से आगे बढ़ा।
  
• षटखण्डागम: इसकी रचना भगवान महावीर के निर्वाण के लगभग 683 वर्ष बाद (पहली-दूसरी शताब्दी के आसपास) हुई। यह जैन परंपरा का सबसे पहला लिखित ग्रंथ माना जाता है। इससे पहले जिनवाणी केवल याद रखकर सुरक्षित रखी जाती थी।
  

3. विषय-वस्तु (Content)

• द्वादशांग: इसमें ब्रह्मांड, जीव, कर्म, आचार-विचार, इतिहास, भूगोल और मोक्ष मार्ग के हर सूक्ष्म से सूक्ष्म पहलू का संपूर्ण वर्णन है।
  
• षटखण्डागम: यह मुख्य रूप से 'कर्म सिद्धांत' (Karma Theory) पर आधारित है। इसमें जीव के गुणस्थान, मार्गणास्थान और कर्मों के बंध-उदय-सत्त्व का अत्यंत वैज्ञानिक और गणितीय विश्लेषण छह खंडों में किया गया है। इसके छह खंड इस प्रकार हैं:
  
  1. जीवट्ठाण (जीवस्थान)
     
  2. खुद्दाबंध (क्षुद्रकबंध)
     
  3. बंधसामित्त (बंधस्वामित्व)
     
  4. वेयणा (वेदना)
     
  5. वग्गणा (वर्गणा)
     
  6. महाबंध
     

एक सरल उदाहरण से समझें:
द्वादशांग वह विशाल हिमालय है जिससे ज्ञान की नदियां निकलती हैं, और षटखण्डागम उस हिमालय से निकली वह पहली मुख्य नदी (धारा) है जिसे आचार्यों ने ग्रंथों के पन्नों पर उतारकर हम तक सुरक्षित पहुंचाया।

यही कारण है कि जब षटखण्डागम ग्रंथ लिखकर पूरा हुआ था, तब ज्येष्ठ शुक्ल पंचमी के दिन उसकी पहली बार पूजा की गई थी, जिसे आज भी पूरा जैन समाज 'श्रुतपंचमी' के रूप में मनाता है।